Als Reaktion auf die zahlreichen Verbotsverfügungen gegen rechtsextremistische Gruppierungen setzte Mitte der 90er Jahre ein Umstrukturierungsprozess im neonazistischen Spektrum ein. Um weitere staatliche Verbotsmaßnahmen zu verhindern, sollte die politische Arbeit in Gruppierungen ohne verbotsfähige Strukturen fortgesetzt werden. Es entstand das Konzept der so genannten "Freien Nationalisten": Auf regionaler Ebene wurden organisationsunabhängige Kameradschaften gebildet, die sich wiederum zu überregionalen Aktionsbündnissen zusammenschlossen. Die Vernetzung der einzelnen Kameradschaften wird durch Aktionsbüros, Koordinierungstreffen und insbesondere das Internet gewährleistet. Diese Kommunikationsmittel und -strukturen dienen sowohl zur Information über aktuelle Themen als auch zu Mobilisierungszwecken. In Norddeutschland schlossen sich die "Freien Kameradschaften" 1997 im "Nationalen und Sozialen Aktionsbündnis Norddeutschland" (NSAN) zusammen. Diesem Bündnis gehörten zeitweise Gruppierungen aus Bremen, Hamburg, Mecklenburg-Vorpommern, Niedersachsen, Sachsen-Anhalt und Schleswig-Holstein an. Bündnistreffen unter dieser Bezeichnung finden mittlerweile nicht mehr statt. Das NSAN und insbesondere das "Aktionsbüro Norddeutschland" diente weiteren Aktionsbündnissen als Vorbild. Das Aktionsbüro wurde maßgeblich von einem Angehörigen des "Kameradenkreises Neonazis in Hamburg" betrieben und bildete mit seinen Terminankündigungen, Pressemitteilungen, Berichten und Propagandamaterialien eine zentrale Plattform für die Koordination der norddeutschen Vernetzungsbestrebungen. Inzwischen ist in der neonazistischen Szene Norddeutschlands ein Netzwerk regional koordinierter Gruppierungen entstanden, das die Aufgaben des Aktionsbüros erfüllt. Nach wie vor kommen Führungskader zahlreicher norddeutscher Kameradschaften regelmäßig zu Koordinierungstreffen zusammen.

In einigen Bundesländern, wie z.B. in Hamburg, ist es führenden Neonazis gelungen, den Landesvorsitz der NPD zu übernehmen. Hier ist eine zunehmende personelle Verflechtung der Neonaziszene und der NPD festzustellen. Zur Durchführung von Aktionen werden häufig die Strukturen und die Logistik der NPD genutzt.

Ein in den letzten Jahren aufgetretenes Phänomen innerhalb des neonazistischen Spektrums sind die so genannten "Autonomen Nationalisten" (AN), die einen revolutionären nationalen Sozialismus propagieren. Die Unterscheidungsmerkmale zu anderen Neonazis liegen jedoch weniger im ideologischen Bereich, sondern hauptsächlich in den Aktionsformen und im Erscheinungsbild. Kennzeichnend für das Konzept der AN ist die Verwendung von Versatzstücken linksextremistischer Parolen, Symbolen sowie das Auftreten von sogenannten Schwarzen Blöcken. Durch das einheitliche, bedrohlich wirkende Aussehen soll Geschlossenheit und Durchsetzungsfähigkeit vermittelt werden. Durch ihr äußeres Erscheinungsbild und ihre Außendarstellung (Nutzung von Anglizismen, Graffiti-Stil u.a.) sind sie von ihren linksautonomen Vorbildern häufig kaum zu unterscheiden. Auch die Gewaltbereitschaft der meist noch sehr jungen AN ist deutlich höher als in der übrigen neonazistischen Szene. Zu beobachten ist dies insbesondere bei Demonstrationen. Das Durchbrechen von Polizeiketten und (Gegen)Angriffe auf militante Gegendemonstranten gehören mittlerweile zu den eingesetzten Mitteln, um sich auf der Straße durchzusetzen.

Das von "Schwarzen Blöcken" ausgehende revolutionäre Pathos wirkt auch auf jugendliche Szeneangehörige anziehend, die nicht den AN im engeren Sinne zuzurechnen sind. Dadurch wird die zahlenmäßige Bedeutung des Phänomens häufig überbewertet. Inzwischen rechnen die Verfassungsschutzbehörden aber etwa 10 % des bundesweiten neonazistischen Personenpotenzials den "Autonomen Nationalisten" zu. Hochburgen der AN sind insbesondere das Ruhrgebiet - hier vor allem Dortmund - sowie Berlin.